הרשימות נתקעו חודשים ארוכים בגלל סוגיית גיוס תלמידי הישיבות. בהיעדר חוק שמסדיר את הפטור שלהם משירות, הודיעה היועצת המשפטית לממשלה באפריל לבג"ץ שיש לעצור את ההטבה לישיבות. המדינה הודיעה כי מוסדות תורניים שיבקשו חידוש אישור יצהירו שאין בהם חייבי גיוס שלא הסדירו מעמדם, ויצרפו רשימת תלמידים. בעקבות זאת רשות המסים עצרה את העברת הרשימות לוועדה, וכך נתקעו גם עמותות כלליות. הרשימות הוגשו מחדש ביולי.
מילביצקי טען כי העמותות שנעצרו אינן בהכרח מפרות חוק: "זה לא עניין של עמותות שמפרות את החוק". לדבריו, ראש רשות המסים הסכים לאישור זמני של שלושה חודשים, אך היועצת המשפטית לממשלה דחתה את המתווה "זה יכול היה להיפתר מזמן והייעוץ המשפטי לממשלה לא אישר, בלי נימוק", אמר.
גפני השיב לדברים: "אתן לך כתובת לטעון את זה. הם רוצים לנתק אותנו מהליכוד והימין, אתם התמימים לא מבינים במה מדובר, פתאום מותר לה לעשות מה שהיא רוצה. מה שלא חוקי שלא יאשרו אותו, מה שכן חוקי, ושנבדק ונמצא שעמותה זכאית לסעיף 46 יאושר. אי אפשר להחליט בהבל פה. בכנסת יש חוק, אנחנו מבקשים לשמור עליו, ולעמוד על הקריטריון החוקי של סעיף 46. לא לעכב שנתיים כי ככה החליטה היועמ"שית, אישה אחת בתפקיד אחד יכולה להחליט בלי נימוק למה אחד מקבל ואחד לא מקבל". גפני טען כי: "לא נעשתה שום בדיקה. יש פה הרבה מאוד עמותות שאני כן רוצה לאשר, אבל אצביע נגד כי זו פגיעה בדמוקרטיה במובן הכי חריף שיש". בנוסף, לבקשת ח"כ גפני הוצאה מהרשימות עמותה שעלתה טענה כי היא עמותה מיסיונרית.
בתום הדיון אושרו הרשימות, למרות התנגדות חברי הכנסת החרדים.
התרעות פיקוד העורף