המחבל אבו אסמאעיל הוא יעד לגיטימי. הוא היה מעורב בהחזקת חטופים בשבי חמאס במהלך המלחמה גם בתוך בית החולים בו הותקף. על פי גורם צבאי המחבל פעל יחד עם אנשיו כדי לקדם תוכנית לבצע סדרת פיגועים קשים נגד כוחות צה״ל במרחב הדרומי של עזה. בין היתר הוא תיכנן מספר סוגי פיגועים שכללו הנחת מטענים, פשיטות שהיו אמורים לגרום לנפגעים רבים בקרב הכוחות. ויתכן אף חטיפת חיילים. לכן הוא הוגדר ״פצצה מתקתקת״ שהיה חייב לחסל אותו בהקדם.
בדומה לבתי חולים נוספים ברצועת עזה, בית החולים נאצר שבחאן יונס משמש את ארגון חמאס. כך למשל הקומה השלישית בבית החולים משמשת כמפקדה צבאית של חמאס, כאשר אזרחים לא מורשים להכנס אליה ויש עליה שמירה קפדנית, בהיותה משמשת את מפקדי הארגון, לרבות את מחמד אבו איסמאעיל. לאורך המלחמה בבית החולים "נאצר" הוחזקו עשרות רבות של חטופים, רבים מהם מקיבוץ נחל עוז ובניהם גם נשים, ילדים, מבוגרים ואזרחים זרים.
גורם צבאי סיפר הערב כי בית החולים פועל בשעות היום ומבצעים בו ניתוחים וטיפולים רפואיים, הפעילות מתבצעת בחלק מהמפלסים של בית החולים. בשעות הלילה לא מתבצעת פעילות רפואית בבית החולים והוא מוגדר כבית חולים יום. מי שכן פועל בבית החולים גם בשעות הלילה הם מחבלי חמאס. כאשר הקומה השלישית היתה מפקדת חמאס. בשב״כ ובצה״ל החליטו לפעול באופן כזה שמרגע שמפקד החטיבה יגיע בשעת לילה למפקדה בקומה השלישיות מטוסי חיל האוויר יפגעו וישמידו את הקומה מבלי לפגוע בשתי הקומות מתחת המשמשות כחדרי טיפול ואישפוז.
בצה״ל אומרים כי היעד לחיסול היה עם דם על הידיים הוא היה אחראי על החזקתם בשבי של חטופים רבים לאורך המלחמה, בהם החטופים: נמרוד כהן, מתן צנגאוקר, עידן אלכסנדר, אברה מנגיסטו, אלוף-משנה אסף חממי ז"ל, סמל ראשון עוז דניאל וסרן עומר נאוטרה ז"ל.
לצד תקיפת אבו אסמאעיל, הותקפו גם מחבלים נוספים ששהו במתחם במבנה בית החולים, ובהם מוארד תופיק מחמוד אבו זריפה, ראש צוות במחלקת ההנדסה בפלוגת הסיוע הקרבי והמנהלתי, וחאלד אסאמה אבו ענזה, ראש מדור הקשר במחלקת המבצעים במטה המודיעין של ארגון הטרור חמאס.
התרעות פיקוד העורף