בתקופה האחרונה שררה מתיחות בין ירושלים לבין מחלקת המדינה בעקבות דברים של דוברו של קרי, ג'ון קירבי, שהאשים את ישראל בהפרת הסטטוס קוו בהר הבית ושזאת הסיבה לפרוץ האלימות. מאוחר יותר חזר בו קירבי, ותיקן את הדברים בטוויטר. "לא התכוונתי לקבוע כי הופר הסטטוס קוו בהר הבית/בחראם אל שריף", כתב. הוא הוסיף כי "אנחנו מברכים על המחויבות של ישראל ושל ירדן לשמירת הסטטוס קוו במקום".
בשיחה שנערכה בין ראש הממשלה לבין קרי, חזר מזכיר המדינה על כך שלישראלים יש את הזכות להגן על עצמם נגד כל אלימות כלפי חפים מפשע, בעיר העתיקה בירושלים ובכל מקום. עוד אמר קרי כי הפלסטינים חייבים להפסיק את ההסתה וכי היו"ר אבו מאזן חייב לגנות את האלימות בקול רם וברור.
התרעות פיקוד העורף