בתגובתו לביהמ"ש טוען ראש הממשלה באמצעות בא כוחו עו"ד יוסי כהן: "יוזמת החקירה של מרגלית פולשת לסמכויות המשטרה. שיטתו גובלת בשיבוש הליכי חקירה. העתירה אינה אלא המשך המתקפה חסרת הרסן, קמפיין תעמולה של ממש כנגד ראש הממשלה נתניהו". עוד נכתב בתגובה: "מטרת העתירה היא הפעלת לחץ פסול ומתמשך על היועמ"ש, תוך הצגתו כמוטה הפועל מתוך מניעים זרים".
ח"כ אראל מרגלית ענה לתגובה זו ואמר: "העובדה שעורך הדין של נתניהו בוחר שלא להתייחס לאף טענה עניינית מחזקת את התחושה כי רה"מ מעורב אישית בפרשה. כל יום שפרשת כלי השיט והצוללות ממשיכה להתנהל תחת חסות של בדיקה, מאפשר לנתניהו ואנשיו לשבש ראיות והליכי חקירה".
התרעות פיקוד העורף