כאמור, ליצמן הגיש הבוקר למזכירות הממשלה את התפטרותו, ובכך מימש את איומו מיום שישי האחרון. המכתב ייכנס לתוקפו בתוך 48 שעות. ראש הממשלה בנימין נתניהו אישר במהלך ישיבת הממשלה כי הוא יחזיק את תיק הבריאות אצלו. למרות ההתפטרות מהממשלה, יהדות התורה נשארת בקואליציה.
במכתב ההתפטרות ציין ליצמן בפני ראש הממשלה נתניהו כי הוא ניסה למנוע את חילול השבת ברכבת בכל דרך. "לא אוכל עוד לשאת באחריות מיניסטריאלית לפגיעה קשה באחד מערכי הנצח של העם היהודי, שהוא יום השבת", כתב.
יו"ר הקואליציה דוד ביטן אמר כי הוא בוחן תיקון לחוק יסוד שיאפשר לליצמן לכהן כסגן שר במעמד שר. העבודות שבגינן הגיש ליצמן את מכתב ההתפטרות הן בעיקר עבודות של תשתית וטכנולוגיה נרחבות שבוצעו אתמול באזור תחנת סבידור ונתיבי איילון, במסוף החדש סמוך לבורסת היהלומים ברמת גן, לאורך המסילה בכביש 531 ובקו המהיר בין תל אביב לירושלים.