כעת, השר אקוניס יוצא במתקפה נגד שתי החוקרות הגרמניות ואומר "למעריב-סופהשבוע": "הייתי מציע לפרופסור המלומדת מגרמניה שלא להטיף לי מוסר על מדינות חשוכות. אימי איבדה באירופה כמעט את כל משפחתה בגלל משטרים חשוכים שתקיימו במאה השנים האחרונות בגרמניה. לא לפני 200 שנה, לא לפני אלף שנה ולא לפני 3000 שנה בימי התנ"ך אלא עכשיו במאה השנים האחרונות".
החלטתו של השר אקוניס גררה גינויים רבים מצד אנשי אקדמיה בישראל ובראשם ראש ועד ראשי האוניברסיטאות פרופ' יוסף קלפטר, אך גם בגינויים מעמיתים בגרמניה בראשן פרופ' אוטב פרפר ופרופ' בריג'יט רודר "מדברת איתי פרופסור מגרמניה על מדינות חשוכות?" אומר בכעס השר אקוניס וממשיך "בכל הכבוד הראוי הייתי מציע לה לשקול היטב את מילותיה כשהיא מדברת על טיב היחסים בין ישראל לבין גרמניה. משום לגרמנים ייקח עוד שנות נצח אם בכלל אי פעם (לזכות בסליחה י.ק)...אני בוודאי לא אסלח לגרמנים לעולם. אז היא באה ואומרת לי 'מדינות חשוכות'? נו באמת"
שתי החוקרות הגרמניות הודיעו כי החלטתן היא סופית ולא ייקחו חלק בקרן. בחודש נובמבר צפוי להתקיים בבג"ץ דיון בעתירה שהגישו ועד ראשי האוניברסיטאות נגד החלטתו של השר אקוניס לא למנות את פרופ' אמיתי, העתירה הוגשה לאחר שאקוניס דחה את המלצתה של המשנה ליועץ המשפטי עו"ד דינה זילבר לחזור בו מהחלטתו ולמנות את פרופ' אמיתי כחברה בוועדה, וזאת למרות שאמר שייקבל את חוות דעתו של היועמ"ש.
התרעות פיקוד העורף