בהודעת משרד המדע והטכנולוגיה נאמר כי "מינוייה של פרופסור אמתי עוכב בשנים האחרונות עקב סירובו של שר המדע והטכנולוגיה הקודם, ח״כ אופיר אקוניס, לאשר את מינוייה. ההתנגדות למינוי נבעה מחתימתה של פרופסור אמתי על עצומה הקוראת לאוניברסיטאות להעניק לחיילים שסירבו לשרת בשטחים תמיכה והקלות שקולות לאלו הניתנות לחיילים, אשר בחרו להגן על המדינה וסיכנו את נפשם בחזית. הנושא הגיע לפתחו של בית המשפט העליון, וההחלטה בעניין נדחתה שוב ושוב. עם כניסתו לתפקיד ביקש השר שי ארכה של שלושה שבועות כדי ללמוד את הנושא, והבוקר הגיש את תשובתו לבית המשפט.
השר שי מסר: ״עד כמה שקשה לי עם הדיעה המובעת בעצומה, החלטתי שלא לערב שיקולים זרים בעבודה המקצועית שלשמה נבחרה פרופסור אמתי. החיילים שאנחנו שולחים לקרב מגינים על הבית ועל הדמוקרטיה הישראלית. ובדמוקרטיה, אנחנו גם נלחמים על זכותם של אחרים להביע דיעות אחרות משלנו, לפעמים אלו גם דיעות מרגיזות ומקוממות. נשלחתי לכנסת ולממשלה גם כדי להגן בכל דרך אפשרית על הדמוקרטיה הישראלית. ואני עושה זאת היום בגאווה גדולה. חיבוק חזק ואוהב לכל חיילות וחיילי צה"ל, שמאפשרים לנו לחיות את חיינו כעם חופשי בארצנו, הדמוקרטית.
שר המדע לשעבר אקוניס, שסירב למנות את פרופ׳ אמתי לתפקיד רשמי, אמר על ההחלטה כי זו ״החלטה מצערת ושגויה שנותנת לגיטימציה לסרבנות ופוגעת בערכים הבסיסיים ביותר של החברה הישראלית. פרופ׳ אמתי שלא חזרה בה משידולה לסרבנות ואמירתה שאינה מייצגת את ישראל בפורום הזה, אינה ראויה לייצג את המדינה בשום פורום בינ״ל. מצער אך לא מפתיע ששר המדע הנכנס לא עמד על עקרון כל כך יסודי וקונצנסואלי״.
השר שי הגיב בגלי צה"ל על דבריו של אקוניס: "לא מסכים עם דבריו. מדובר בהסכם עם משמעות מדינית, ההסכם עלה גם בפגישה עם שר החוץ הגרמני. יש חשיבות רבה להסכם ולקדם את מעמדה הבינלאומי של ישראל. יש השלכה על המעמד שלנו, אני מזכיר כמה גרמניה חשובה לישראל".
מוועד ראשי האוניברסיטאות (ור"ה) נמסר: "שמחים שהשר החדש יזהר שי שם את טובת המדינה לפני שיקולים פוליטיים צרים. נציגי אקדמיה ישראלים, הפועלים בקרנות מחקר בינ"ל כדוגמת פרופ' אמיתי, מובילים ומחזקים את תדמיתה של ישראל בעולם כמדינה המובילה במדע פורץ דרך וחופשי מכל פוליטיזציה - וזה האינטרס של כולנו".
פרופ' אמתי אמרה בגלי צה"ל כי לא חזרה בה מעמדתה: "הנושא לא צריך היה להוות שיקול, לא חזרתי בי, לא נכנסתי לסיטואציה בה ידרשו ממני להתנצל. אני לא רוצה לדבר על העמדה הפוליטית שלי, איפה אנחנו ואיפה האינתיפאדה?".
התרעות פיקוד העורף