נייר טואלט חד-שכבתי יכול לגרום לפצעים פתוחים, מה שמגדיל סיכון לזיהומים. המומחים ממליצים על שימוש בנייר טואלט עבה, סופג ורך. גם אופן הניגוב חשוב - ניגוב חזק מדי יכול לגרום לבעיות כמו טחורים ודימומים, והומלץ לנגב בעדינות ולא לשפשף. הכיוון חשוב לא פחות: לנגב מלפנים לאחור - במיוחד נשים - כדי להרחיק חיידקים ממערכת השתן.
על פי המדענים היפנים, החלפת נייר טואלט בבידה (רחצה במים) מפחיתה ב-90% את כמות החיידקים המזיקים על הידיים לעומת משתמשי נייר. הדבר מפחית את אחוזי הסיכון להידבק בזיהומים קטלניים כמו קלוסטרידיום דיפיצילה. לפי ד"ר אוון גולדשטיין, כירורג רקטלי, "כרמין ושאר המותגים גרמו לנו לחשוב שנייר טואלט הוא מוצר היגייני. אז תנו לי לספר לכם משהו: זה לא".
אך מומחים אחרים אומרים שהבעיה היא לא בנייר עצמו אלא באופן השימוש. בנוסף, אל תשכחו לסגור את מכסה האסלה לפני שאתם מורידים את המים - מחקר מצא שזה מפחית פי 12 את התפשטות החיידקים.
התרעות פיקוד העורף