בין הממצאים שנחשפו באתר, התגלו עד כה פיסות של תעודות פפירוס כתובות, מטבעות עשויים ברונזה מימי אנטיוכוס הרביעי ומלכי תלמי, כלי נשק, כלי עץ ופיסות בד. לדברי מתן טולדנו, ד"ר איתן קליין ואמיר גנור, מנהלי החפירה מטעם רשות העתיקות, מדובר באחת מהחפירות הארכאולוגיות העשירות והמסקרנות ביותר במדבר יהודה.
החפירה בנחל זוהר מהווה חלק ממבצע נרחב שמובילה רשות העתיקות במדבר יהודה, להצלת ממצאים ארכאולוגיים מסכנת שוד. המיזם הלאומי החל לפני כשמונה שנים, במימון משותף של משרד המורשת, קמ"ט ארכאולוגיה במנהל האזרחי ורשות העתיקות. צוות הסקר הייעודי של היחידה למניעת שוד סרק בשיטתיות את כל שטח מדבר יהודה לאורך 180 קילומטרים של מצוקים, ואיתר כ־900 מערות.
בעזרת ציוד סנפלינג, טכנולוגיות מתקדמות ושיטות תיעוד ייחודיות, נחשפו אלפי פריטים נדירים – בהם מגילות גנוזות, קטעי פפירוסים, כלי עץ, כלי נשק, בדים, פריטי עור, מקלעות קש ומטמוני מטבעות.
"החפירה הזו משנה את הידע ההיסטורי על האתר", ציינו עוד טולדנו, קליין וגנור - "בניגוד להשערות קודמות שייחסו את המבנה לימי בית המקדש הראשון, נראה שהוא נבנה מאוחר יותר -בתקופה ההלניסטית – בימי השלטון התלמי בארץ. אנחנו עדיין לא יודעים בוודאות מה היה שימושו של המבנה. האם מדובר בבסיס צבאי ששמר על דרך מסחרית חשובה דרכה העבירו מחצבי מלח, ואספלט מים המלח לאזור החוף? או שאולי בשלב כלשהו המבנה העצום בראש ההר, שימש כציון לקבר או גלעד בעת העתיקה? מדובר בתעלומה היסטורית מרתקת – ולשמחתנו הציבור שמגיע לחפירה שותף לגילוי התשובות".
מנהל רשות העתיקות אלי אסקוזידו, אמר עוד: "סקר מדבר יהודה הוא אחד המבצעים הארכאולוגיים החשובים ביותר בתולדות המדינה. התגליות מרגשות, והמשמעות שלהן למחקר הארכאולוגי וההיסטורי עצומה. קצת לפני פסח ועם תחילת האביב, אני מזמין את עם ישראל לבוא ולהשתתף. בתקופה מאתגרת שכזו, כמה ימי שהייה וגילוי במדבר יהודה יכולים להוות חוויה מחברת ומרוממת לכולם".