לדבריו, ההאשמות נובעות מחשש אמיתי בקרב אנשי השלטון ברוסיה לקראת "רגע העברת השלטון הבלתי נמנע". הוא הוסיף כי פוטין אמנם נראה בריא, אך הזכיר כי "ב־80 השנים האחרונות כל הדיקטטורים הרוסים עזבו את הזירה בין גיל 70 ל־80", ופוטין בן 73 - מה שמעורר בקרמלין מחשבות על העתיד.
ה־FSB, שירות הביטחון הפנימי של רוסיה, האשים את חודורקובסקי ו־22 גולים נוספים -בהם אנשי עסקים, פוליטיקאים ופעילים - ביצירת "ארגון טרור" שמטרתו להפיל בכוח את המשטר במוסקבה. חודורקובסקי, ששוחרר מהכלא ב־2013 לאחר עשור מאסר בגין עבירות שנתפסו כנגועות במניעים פוליטיים, מתגורר כיום בגלות ומקדם יוזמות דמוקרטיות לרוסיה שלאחר פוטין.