אחמד ווהידי, בכיר בצבא איראן שצוטט ב"אל ערביה", אמר כי "ישראל ביצעה את ההתנקשות לאחר שקיבלה אור ירוק מארצות הברית". הוא הוסיף כי "הם (ישראל) גורמים לצרות. הרפובליקה האסלאמית תגיב בזמן ובמקום שהיא תקבע".
בתוך כך, עיתון המקורב למנהיג העליון של איראן, עלי חמינאי, קרא לפגוע בחיפה בתגובה: "הנקמה על ההתנקשות צריכה להיות במתקפה על חיפה".
דובר הפרלמנט האיראני ספד למדען והזהיר מפני נקמה איראנית. "נגרום לטרוריסטים המגונים הללו ולתומכיהם להתחרט", אמר הדובר, שהוסיף: "אויבי האומה האיראנית שוב השתמשו בשיטות ההתנקשות, אחת ההתנהגויות הלא אנושיות ביותר. בכך הם הראו שהם חוששים מהגדלת כוחה של איראן, אך האומה שלנו התמודדה עם אבדות כאלו במשך יותר מארבעה עשורים והניסיון הוכיח כי העם הצליח להמשיך את דרכם של החללים חזק יותר מבעבר. גם הפעם נוכיח לאויבינו כי מותו של ד"ר מוחסן פחריזאדה הוא חלון חדש להתקדמות בכלכלה, בביטחון ובהגנה".
"איראן תגרום לטרוריסטים המגונים הללו ולתומכיהם להתחרט", איים. "רק תגובה עזה תגרום לאויב הפושע להתחרט על כך, תגובה עזה שתרתיע את האויב מטעויות אפשריות בעתיד ותנקום בהן על פשעים אלה". הוא הוסיף כי איראן "תימנע מלשלוח כל אות של חולשה או אמון במערכת הפוליטית האמריקאית".
הוא הוסיף בהצהרה, ששודרה בטלוויזיה הממלכתית באיראן, כי "ההתנקשות מראה עומק הייאוש של אויבנו ואת עומק שנאתם. החיסול לא יאט את העבודה של תוכנית הגרעין". שר החוץ האיראני, מוחמד ג'וואד זריף, כתב בחשבון הטוויטר שלו: "יש סימנים ברורים למעורבות ישראלית בביצוע המעשה הפחדני הזה". בהמשך דבריו קרא זריף לקהילה הבינלאומית ואירופה "לחדול מהמוסר הכפול ולגנות את ביצוע הפעולה".
התרעות פיקוד העורף