מאוחר יותר חמאס מצא את עצמו נאלץ לפתוח מחדש את יחסיו עם המשטר הקודם. עם זאת, עם נפילתו, הוא היה בין הראשונים לברך את הממשל החדש, שהחליט במהרה "לדכא" את הפלגים הפלסטיניים השונים שנכחו בדמשק, כחלק מגישה כללית שמטרתה לשלוח מסרים חיוביים לישראל.
הצהרה זו משמעותה שמה שנדרש הוא חיסול מוחלט של חמאס - או לפחות הזרוע הצבאית שלו. אין פירוש הדבר שלא יהיו לכך השלכות ברמת עבודתו הפוליטית, במיוחד לאור העובדה שהיא מטילה עליו אחריות מסוימת למצב הנוכחי ברצועת עזה.