הנשיא האמריקאי אמר לנתניהו כי ההחלטה לתקוף את ההנהגה הפוליטית של חמאס בדוחה, בירת קטאר, לא הייתה חכמה. טראמפ כעס במיוחד על כך שנודע לו על התקיפה רק כשהיא כבר התרחשה, וזאת מהצבא האמריקאי ולא מהישראלים עצמם. בנוסף, הוא הביע תרעומת על כך שהתקיפה בוצעה בשטחה של קטאר, מדינה ידידותית לארה"ב המתווכת במגעים לסיום המלחמה בעזה.
נתניהו הסביר בתגובה כי עמד בפניו חלון הזדמנויות מצומצם לביצוע התקיפה והוא החליט לנצלו. בשיחה נוספת שהתקיימה ביניהם, האווירה הייתה רגועה יותר. טראמפ התעניין האם התקיפה הצליחה, ונתניהו השיב שאינו יודע עדיין. מספר שעות לאחר מכן, חמאס טענה כי הבכירים שהיו יעדי התקיפה שרדו, אך שישה פעילים זוטרים נהרגו.
התקיפה הישראלית גרמה לחמאס להשעות את המגעים להפסקת אש. מבחינתו של טראמפ, התוצאה החמורה יותר הייתה הכעס העז של הנהגת קטאר, המתווכת בין הצדדים בשיחות בחסות אמריקאית. חיזוק הקשרים עם מדינות המפרץ מהווה יסוד מרכזי באסטרטגיה של טראמפ באזור, והוא הפגין חיבה מיוחדת כלפי מנהיגי קטאר בביקור שערך בדוחה במאי. הקטארים הגיבו בנדיבות והעניקו לארה"ב מטוס יוקרה בשווי 400 מיליון דולר שישמש כמטוס הנשיאותי. המדינה אף הכריזה על תכניות להקמת אתר גולף הנושא את שמו של טראמפ.
טראמפ וויטקוף, נציגו המיוחד למזרח התיכון, התלוננו בחודשים האחרונים באופן פרטי כי נתניהו מסבך אותם במצבים מורכבים, לעתים קרובות ללא אזהרה מספקת. ביוני, בעוד טראמפ מנסה לקדם הסכם לבלימת תכנית הגרעין האיראנית, הודיע לו נתניהו על תקיפות ישראליות נגד איראן שהחלו תוך שעות ספורות.