האירוע הוביל לשורת בדיקות פנימיות וחקירות נרחבות מצד משרד הבריאות, שחושף כעת את הצעדים שננקטו כלפי המעורבים. מנהל המעבדה להפריה חוץ-גופית איבד את רישיון הניהול לצמיתות בעקבות "חריגה מתמשכת מנהלי העבודה התקינים, המצביעה על כשלים מערכתיים חמורים".
בין הליקויים שנמצאו: סביבת עבודה שאינה תואמת את היקף הפעילות, ליקויים בתיעוד ובניהול הרשומות הרפואיות, ואי-הקפדה על נוהלי זיהוי המטופלים. המשרד קבע כי מנהל המעבדה "גילה אי-יכולת מקצועית במילוי תפקידו וניהל את המעבדה באופן שתרם משמעותית להתרחשות האירוע".
גם האמבריולוג שהיה אחראי בפועל להחזרת העוברים הושעה מתפקידו ורישיונו נשלל לשנתיים, לאחר שנקבע כי פעל ברשלנות ובחוסר אחריות שהובילו לטעות.
לפי ממצאי החקירה, האמבריולוג הפר פעמיים את נהלי המעבדה: תחילה כשהעביר עוברים לא נכונים למטופלת הראשונה שנכנסה לחדר ההחזרות, לאחר שהכין מראש עוברים למטופלת אחרת, ובהמשך כשביצע החזרה נוספת של עוברים שאינם שייכים למטופלת השנייה - אף שניתן היה להבחין כי מדובר בעוברים זרים. משרד הבריאות קבע כי "מדובר בהפרה חמורה של נהלים שנועדו בדיוק כדי למנוע אירועים מסוג זה".
האמבריולוג יוכל להגיש בקשה מחודשת לקבלת תעודת עובד מעבדה רפואית אקדמאי רק בעוד שנתיים, ואילו שני המעורבים רשאים לערער על החלטת משרד הבריאות בפני שר הבריאות בתוך 30 יום. בתום ההליך תישקל האפשרות לפרסם את שמותיהם.
במשרד הבריאות ציינו כי הצעדים האחרונים הם חלק מהליך פיקוח רחב על פעילות המרכזים להפריה חוץ-גופית בישראל. הבדיקה כללה בחינה של נהלי העבודה, מערכות הבקרה, ההכשרות המקצועיות של הצוותים והפיקוח השוטף. יש לציין כי שני עובדי המעבדה פוטרו לפני שלוש שנים, זמן קצר לאחר היוודע הפרשה החמורה.
במשרד הבריאות הדגישו כי ימשיכו לפעול לחיזוק הבקרה במעבדות הפוריות: "מדובר באירוע חמור מאין כמותו, הפוגע בלב העשייה הרפואית ובאמון הציבור במערכת. משרד הבריאות ינקוט כל צעד נדרש כדי להבטיח שטעויות כאלה לא יחזרו לעולם".