הלחימה באל-פאשר החריפה את המשבר ההומניטרי העצום בסודן, הנחשב לגדול בעולם, עם כ-12 מיליון עקורים ו-400,000 הרוגים מאז פרוץ מלחמת האזרחים לפני למעלה משנתיים. לפי ארגון הבריאות העולמי 460 בני אדם נהרגו בבית חולים באל-פאשר ביום שלישי, ימים ספורים לאחר נפילת העיר. ה-RSF הכחישו נמרצות את הטענות, וכינו אותן "קמפיין תעמולה אינטנסיבי", ואף פרסמו סרטון שלטענתם מציג את בית החולים במטרה לסתור את הדיווחים.
כ-260 אלף אזרחים נלכדו בעיר בזמן נפילתה. למרות שאלפים נמלטו מאז, ארגוני סיוע מדווחים כי רק מעטים הצליחו להגיע למקום מבטחים. הניצולים מתארים מסע רצוף סכנות, גופות פזורות לאורך הדרכים, סחיטה, מעצרים שרירותיים, אלימות מינית והפרדת גברים. אלו שהצליחו לשרוד הופנו למחנות עקורים צפופים הסובלים ממחסור קיצוני במזון, מים ומחסה, ובהם התפרצויות מחלות שכיחות.
ה-RSF שולט בחלקים נרחבים ממערב המדינה, כולל חבל דרפור, ומואשם בביצוע פשעים חמורים נגד אזרחים, בהם רצח, ביזה ועקירה המונית. עימותי הכוח בין ה-RSF לצבא מאיימים למוטט את סודן ולערער את היציבות באזור כולו.