הוא גם תמך נחרצות בהפעל כוח פיזי בחקירות (כולל ווטרבורדינג) ובמעצר חשודים בטרור במפרץ גואנטנמו ללא משפט, צעדים שספגו ביקורת חריפה כהפרה של ערכים אמריקאיים. צ'ייני, כך לפי דיווח ב-CNN, לא התחרט על החלטותיו, וטען כי עשה את מה שנחוץ כדי להגן על המדינה.
חייו של צ'ייני לוו במאבקים בריאותיים, כולל סדרת התקפי לב החל מגיל 37, ובשנת 2012 עבר השתלת לב, אותה כינה "מתנת החיים עצמם". הוא הותיר אחריו את רעייתו לין, בנותיו ליז ומרי, ושבעה נכדים.