בראיון ל"ניו יורק טיימס" אישר קנדי כי הוא הורה לסוכנות לזנוח את עמדתה, לפיה חיסונים אינם גורמים לאוטיזם. כעת, נכתב באתר ה-CDC כי הטענה שחיסונים אינם גורמים לאוטיזם אינה "מבוססת-ראיות". צעד זה, החריג ביותר עבור שר בריאות, מדגיש את נחישותו של קנדי לאתגר את הקונצנזוס המדעי.
ההסתדרות הרפואית האמריקנית הביעה "דאגה עמוקה" מהמהלך. המבקרים טוענים שקנדי משתמש במעמדו כדי לערער את אמון הציבור בחיסונים, תוך התעלמות מנתונים חד-משמעיים המעידים על יעילותם. מחקר שפורסם לאחרונה בכתב העת הרפואי The Lancet העריך כי מאז 1974, חיסונים מנעו 154 מיליון מקרי מוות ברחבי העולם, כולל 146 מיליון ילדים מתחת לגיל חמש.
קנדי, מצידו, טען כי תפקידו אינו להרגיע את חששות ההורים. "אני חושב שהדרך להעלות את שיעורי ההתחסנות, בסופו של דבר, היא להיות כן עם אנשים", אמר. "תפקידי אינו להטעות את הציבור האמריקני אלא לתת לו מידע מדויק על מצב המדע".