בהודעת הארגון, שמושבו בז'נבה, נמסר כי ההחלטה התקבלה ב-20 בינואר בשל חששות הנוגעים ל"ניהול המתקן, שמירה על ניטרליותו והפרות ביטחוניות". לפי MSF, בחודשים האחרונים דיווחו מטופלים ואנשי צוות כי הבחינו ב"חמושים, חלקם רעולי פנים", בתוך מתחם בית החולים.
הארגון ציין כי מדובר בפעם הראשונה שבה גוף הומניטרי בינלאומי הפועל בעזה מדווח בפומבי על נוכחות חמושים בבית חולים או על חשד לשימוש במתקן רפואי לצורך תנועת נשק. עם זאת, MSF הדגיש כי הוא ממשיך לתמוך בשירותים רפואיים חיוניים בנאצר, כולל טיפול באשפוז וניתוחים מצילי חיים.
עוד דווח ב"רויטרס" כי בהודעת משרד הפנים של ארגון הטרור חמאס נמסר כי קיימת מחויבות למנוע כל נוכחות חמושה בתוך בתי חולים, וכי יינקטו צעדים משפטיים נגד מפרים. עוד צוין כי ייתכן שחמושים המשתייכים למשפחות מקומיות בעזה נכנסו לאחרונה לבתי חולים, מבלי לפרט מי המעורבים.
במקביל, נמשכת מחלוקת רחבה סביב מעמד בתי החולים בעזה במהלך המלחמה. צה"ל טען כי תקף בתי חולים בשל פעילות של פעילי חמאס בתוכם, וכי אותרו חלקים ממערכת המנהרות של הארגון מתחת למתקנים רפואיים. חמאס מכחיש שימוש בבתי חולים לצרכים צבאיים.
בתי חולים נחשבים לאתרים מוגנים על פי המשפט הבינלאומי. הן תקיפה של בית חולים והן שימוש בו לצרכים צבאיים עשויים להיחשב כהפרה של הדין הבינלאומי, אם כי בנסיבות מסוימות עשוי מתקן רפואי לאבד את מעמדו המוגן. ארגוני זכויות אדם טענו בעבר כי ישראל לא הציגה במקרים רבים ראיות מספקות להצדקת תקיפות שביצעה נגד בתי חולים במהלך הלחימה.