מאז שטראמפ הכריז על הפסקת האש מול טהרן ב-8 באפריל, סופג נתניהו ביקורת קשה. ראש האופוזיציה יאיר לפיד האשים אותו בכישלון להשפיע על תנאי ההסכם, והצהיר כי "ההסכם רע לישראל, רע לאזור ורע לאזרחי איראן". מקורבי נתניהו מעריכים כי הסכם אמריקאי-איראני בעייתי ישפיע דרמטית על החלטתו האם להתמודד בבחירות שיתקיימו בספטמבר או אוקטובר, או שמא לפרוש בתמורה לעסקת טיעון. הלחץ שהפעיל טראמפ על הנשיא יצחק הרצוג להעניק לנתניהו חנינה טרם נשא פרי, ונראה כי הזמן אוזל לקידום חקיקה שתעניק לו חסינות.
במעגל הפנימי של נתניהו מאשימים את הנשיא האמריקאי בהחמצת הזדמנות פז. כזכור, רשת "פוקס ניוז" דיווחה במרץ כי אלפי לוחמים כורדים חמושים תכננו לחצות מעיראק לאיראן בימי המלחמה הראשונים, תחת חיפוי אווירי כבד של ארצות הברית וישראל. גורם מודיעיני ישראלי בכיר חשף בפני "אל-מוניטור" כי התוכנית הייתה מקיפה ומפורטת ביותר. לדבריו, הכורדים היו להוטים לשתף פעולה עם חיל האוויר הישראלי והעוצמה האמריקאית, אך וושינגטון "לחצה על הברקס ברגע האחרון". הגורם העריך בוודאות כי נשיא טורקיה, רג'פ טאיפ ארדואן, הוא שהשפיע על טראמפ לעצור הכל, וציין כי טראמפ בלם גם יוזמות מבצעיות סודיות נוספות של ישראל להפלת המשטר. "ההשלכות עלולות להיות הרסניות וארוכות טווח", הזהיר.
במקביל לכישלון המבצעי, בכירים בישראל מתריעים מפני הסכנות הטמונות בשליטה דה-פקטו של איראן במצר הורמוז בחסות ההסכם. המלחמה הוכיחה לטהרן כי המצר הוא נשק אסטרטגי שבאמצעותו ניתן להחזיק את העולם כבן ערובה. בירושלים חוששים שההסכם יסתכם במזכר הבנות שיאריך את הפסקת האש, מבלי לפרק את מאגר האורניום המועשר. התמונה מסתבכת לנוכח חוסר הוודאות בישראל לגבי זהות השליט בפועל באיראן בימים אלו, והאם מוג'תבא ח'אמנאי מנהל את העניינים או מנוהל על ידי אחרים. למרות הכל, גורם ביטחוני בכיר התעקש כי שינוי משטר עדיין אפשרי, שכן רוב מכריע בעם האיראני שואף להשתחרר מעול השלטון.