מעבר לאתגרים הלוגיסטיים, פינוי ההריסות טומן בחובו התמודדות הומניטרית כואבת. להערכת האו"ם, קבורות עדיין בין 8,000 ל־10,000 גופות תחת ההריסות. לצד סכנת הנפלים שאותם מנסים לאתר ולסמן ארגונים בינלאומיים כמו "היילו טראסט", ההריסות המרוסקות מכילות חומרים המסוכנים לבריאות הציבור דוגמת אזבסט. "ההתקדמות בשיקום איטית", סיכם סיליירס בגרדיאן, "אנו עושים כמיטב יכולתנו למרות ההגבלות החלות עלינו".
עד כה פונו כ־580 ק"מ של כבישים, מה שאפשר את תנועתן של משאיות סיוע הומניטרי. עם זאת, מדובר בטיפה בים. לאחר למעלה משנתיים של עבודת פינוי מאומצת, הוצאו רק כ־907 אלף טונות של פסולת – כ־1.5% בלבד מסך כל ההריסות בעזה.
המשימה המורכבת מתבצעת בתנאים מסוכנים במיוחד. צוותי הפינוי מטעם תוכנית המזון העולמית והאו"ם פועלים בין הריסות המכילות פצצות שלא התפוצצו ושרידי גופות, תוך שהם משתמשים בציוד שחוק. בדיווח נטען כי ישראל אוסרת על הכנסת ציוד הנדסי חדש לרצועה בנימוק שמדובר בציוד דו־שימושי שעלול לשמש את ארגון חמאס.
קושי נוסף נובע מכך שהשטח הנגיש כיום לתושבים ולצוותי הסיוע מהווה בקושי 30% מכלל שטח רצועת עזה, מה שמחריף את מצוקת המקום הנדרש לאחסון ההריסות המפונות. כדי להתמודד עם המצב, החלו באו"ם במאמצי מיחזור. ההריסות נגרסות במתקנים ייעודיים ומשמשות לתיקון בורות בכבישים ולהגבהת אוהלי העקורים מעל למי הגשמים.