החקירה נפתחה בעקבות תלונות של כ-50 אזרחים איטלקים שהשתתפו במשטים. לפי הדיווחים, החוקרים ברומא גבו עדויות, בחנו סרטונים, אספו ממצאים טכניים ועברו על מסמכים רפואיים שהגישו המשתתפים.
מהדרג המדיני ועד מפקדי הכוחות: שאלת האחריות הפלילית
החקירה כוללת גם בעלי תפקידים נוספים בשרשרת הפיקוד הימית, בהם מפקדים בחיל הים שהיו מעורבים בתכנון ובביצוע ההשתלטות על כלי השיט. בנוסף, נבדקת אחריותם של גורמים שהיו מעורבים בשלב המעצר והכליאה, ובהם מפקד כלא קציעות ומפקד יחידת נחשון בשירות בתי הסוהר.
לפי העדויות שהועברו לרשויות באיטליה, חלק מהמשתתפים טענו כי הופעלה כלפיהם אלימות במהלך ההשתלטות ולאחר מעצרם. בין היתר נטען למכות, איומים, קשירת ידיים ורגליים, מניעת שינה, הגבלת מזון ומים והחרמת ציוד אישי.
התביעה ברומא בוחנת כעת אם המעשים הנטענים היו אירועים נקודתיים או חלק מדפוס פעולה שחזר בשני המשטים, וכן אם ניתן לייחס אחריות פלילית גם לדרגים בכירים שפיקחו על הפעילות ולא רק לכוחות שפעלו בשטח. בשלב זה מדובר בחקירה ובחשדות בלבד, ולא הוגשו כתבי אישום נגד הבכירים הישראלים.