יחד עם זאת, קומיי ציין כי קלינטון נהגה ב"רשלנות רבה, בחוסר זהירות ובניגוד לנהלים כשטיפלה באלפי אי מיילים ממשלתיים בשרתים פרטיים כששמשה במשרד החוץ". לטענתו, 110 מהאימיילים הללו הכילו מידע רגיש, אך כאמור בחקירת ה-FBI לא נמצאו כוונות זדון או פלילים אלא רשלנות בלבד".
כזכור, בעת ששימשה קלינטון, בקדנציה הראשונה של נשיא ארצות הברית, ברק אובמה, כמזכירת המדינה, קלינטון חרגה מנהלי ביטחון המידע, כאשר במקום להשתמש בשרתים שמספקת מחלקת המדינה לעובדיה, השתמשה קלינטון בשרת פרטי לצורך תכתובות האימייל שקיימה בעת תפקידה. השימוש בשרת של מחלקת המדינה חשוב הן לצורכי ביטחון מידע והן לצורכי שמירת ההתכתבויות בארכיון המדינה.
ועדת בדיקה של מחלקת המדינה שנערכה במאי, קבעה שהתנהלותה של קלינטון הייתה בניגוד לנהלים ואף לא עמדה "בדרישות המינימליות של אבטחת מידע". כמו כן מצאה הוועדה כי בעיית שמירת הרשומות הייתה בעיה שמחלקת המדינה לקתה בה בשיטתיות וכי למעט קלינטון, כמה מזכירי מדינה ועשרות פקידים במשרד חרגו מההנחיות בעניין זה
מי שכבר מיהר וצייץ לגבי העניין, הוא דונלד טראמפ, שטען לחוסר הוגנות ואף שהמערכת מוטה בעד קלינטון:
התרעות פיקוד העורף