כזכור, ב-17 לדצמבר 2016 נמצא א-זווארי ירוי וללא רוח חיים סמוך לביתו בעיר ספקס שבדרום המדינה. התקשורת במדינה הפנתה אצבע מאשימה כלפי ארגון המוסד, ובחקירה המקומית נמצאו אקדחים ומשתיקי קול ומכוניות אשר קשורות לכאורה למעשה. גדודי עז א-דין אל קסאם, הזרוע הצבאית של החמא"ס, הודיעו כי המהנדס מוחמד א-זווארי, שחוסל בתוניסיה, הוא אחד מאנשיהם ואמרו כי "יד הבוגדנות הציונית" אחראית להתנקשות.
בהודעה נאמר כי "זווארי היה אחד המנהיגים שפיקחו על פרוייקט המל"טים 'אבביל'", כמו כן, בחמאס הגדירו את א-זווארי כ-"שאהיד, מהנדס ומנהיג של האומה האסלאמית", והוסיפו כי הוא הצטרף לגדודי אל קסאם לפני 10 שנים "כמו רבים מבני האומה האסלאמית, שמטרתם הייתה פלסטין, ירושלים ואל אקצא". בהודעה נאמר עוד כי "דמו של המנהיג א-זווארי לא נשפך לחינם, שכן ההתנקשות בחייו היא תמרור אזהרה לאומה הערבית והאסלאמית שהאויב הציוני וסוכניו עושים במדינות האזור פעולות 'מלוכלכות והגיע העת לחתוך את היד הבוגדנית והפחדנית הזו". גם נשיא תוניסיה, אל-באג׳י קאיד א-סיבסי, האשים את ישראל במעשה במהלך נאום שנשא כשבועיים אחרי ההתנקשות.
התרעות פיקוד העורף