מאטיס יעזוב את תפקידו כחודשיים לפני המועד המתוכנן. הגנרל בדימוס הודיע ביום שישי לנשיא טראמפ על התפטרותו מהתפקיד, וזאת בשל חילוקי דעות בין השניים. על פי בכירים בממשל האמריקאי, ההתפטרות אירעה במהלך פגישה בין השניים, וטראמפ לא אילץ את מאטיס להתפטר. הפרישה אירעה לאחר הודעת הנשיא כי בכוונתו להסיג את הכוחות האמריקאים המוצבים בסוריה.
כזכור, במכתב הפרישה שהגיש מאטיס לנשיא, ופורסם על ידי הפנטגון, הוא כתב לטראמפ כי "מכיוון שיש לך זכות למזכיר הגנה שדעותיו תואמות יותר לדעותיך בנושאים אלו ואחרים, אני מאמין שהדבר הנכון בשבילי יהיה לעזוב את התפקיד". טראמפ הגיב אז להודעתו של מאטיס בחשבון הטוויטר שלו, וכתב כי "הגנרל ג'ים מאטיס יפרוש, לאחר קריירה מפוארת, בסוף חדש פברואר, לאחר ששירת את הממשל שלי כמזכיר המדינה בשנתיים האחרונות".