כזכור, בשיר הודח על ידי צבא סודאן ב-11 באפריל לאחר 30 שנה שבהן החזיק בשלטון, זאת בשיאן של הפגנות מחאה אלימות נגדו, במהלכן נהרגו 49 בני אדם. אל בשיר, שתקופת שלטונו היא הארוכה ביותר מאז קיבלה המדינה את עצמאותה ב-1956, נחשב כבר שנים לפורע חוק בעיני המערב, והוא מבוקש בקשר לביצוע רצח העם בדארפור.
בשנת 1989 חולל אל בשיר הפיכה צבאית נגד ראש הממשלה דאז, א-סאדק אל-מהדי אשר נבחר בבחירות דמוקרטיות. לאחר עלייתו לשלטון הוא הנהיג משטר צבאי, החיל את חוקי השריעה, פיזר את האסיפה הלאומית, אסר על קיום מפלגות ואיגודים מקצועיים, חיסל את המערכת המשפטית ואסר על עיתונות חופשית.
ב-14 ביולי 2008 הוגשה נגדו תביעה רשמית בבית הדין הפלילי הבינלאומי בהאג בגין רצח עם, שהתרחש, לפי כתב התביעה, בחבל דארפור. ב-19 באוגוסט, כארבעה חודשים לאחר הדחתו, נפתח משפטו שכעת הסתיים בהרשעה.
התרעות פיקוד העורף