ב-2006 חתם עאון על הסכם בין מפלגתו לבין ארגון הטרור השיעי, ומאז גיבה את פעולותיו באופן עקבי. בדברים שאמר לאחר בחירתו לנשיא ב-2006, הוא פנה לאנשי חיזבאללה וקרא להם "לשחרר את מה שנשאר מאדמותינו הכבושות בידי ישראל.
נשיא לבנון: "לא שולל הסכם שלום עם ישראל"
ימים לאחר הסכם הנורמליזציה עם איחוד האמירויות, אמר מישל עאון בראיון לטלוויזיה הצרפתית: "יש לנו בעיות עם ישראל, ואנחנו צריכים קודם כל לפתור אותן"
התרעות פיקוד העורף