בעקבות אילוצי המצב הבטחוני, ובתיאום עם משרד התחבורה והנחיות פיקוד העורף רכבת ישראל מבצעת שינויים תפעוליים וסוגרת תחנות רכבת לשירות החל מהשעה הקרובה.
בשאר קווי הנסיעה ברחבי הארץ (מלבד קו ירושלים יצחק נבון) תעמוד תדירות הרכבות על רכבת אחת מידי שעה לכל כיוון. כמו כן ייתכנו עיכובים ושינויים בתנועת הרכבות ברחבי הארץ בשל המצב. הרכבת מעמידה רכבות כונניות וצוותים ברחבי הארץ, ומפעילה בתיאום עם משרד התחבורה רכבות מיוחדות לרשות צרכי העורף ומשרד הבטחון.
בעת אזעקה במהלך השהייה בתחנה או הנסיעה ברכבת יש להוריד את הווילונות ולשכב מתחת לקו החלונות, או לאתר את המרחב המוגן בתחנה, ולפעול לפי הנחיות צוותי הרכבת.