בעקבות פטירתו של רפי איתן, פרסם המוסד הודעה לפיה |ראש המוסד למודיעין ולתפקידים מיוחדים, יוסי כהן וכלל המשרתים והמשרתות בארגון, מביעים צער עמוק על פטירתו של רפי איתן ז״ל, שהיה מעמודי התווך של קהיליית המודיעין, והמוסד בפרט. לעד נוקיר את תרומתו לביטחונה של מדינת ישראל, עוד מהיותו לוחם צעיר בפלמ"ח. עשייתו ופעילותו תרשמנה באותיות זהב בהיסטוריה של המדינה".
עוד נמסר, כי "רפי היה לוחם ומפקד מהמעלה הראשונה, מקורי ואמיץ, שהוביל אינספור מבצעים נועזים ופעילויות מורכבות של המוסד, בהן המבצע ללכידתו של הפושע הנאצי אדולף אייכמן. את רובם המכריע של המבצעים אי אפשר לפרסם, אך הם תרמו תרומה משמעותית לביצור ביטחונה של מדינת ישראל. היסודות שרפי הניח בשנות המדינה הראשונות הן נדבך משמעותי בפעילות המוסד גם היום, ועם ישראל חב לו רבות על עשייתו ופועלו. יהי זכרו ברוך".
התרעות פיקוד העורף