חודשים ספורים לפני שהוא מסיים את תפקידו ורגע אחרי אישור תקציב המדינה בכנסת, יו"ר רשות החדשנות עמי אפלבוים מותח ביקורת על תקציב הרשות לשנתיים הקרובות. בשיחה עם מעריב אונליין הוא אומר כי "תקציב רשות החדשנות בשנת 2023 יסתכם ב-1.5 מיליארד שקל ובשנת 2024 ב-1.4 מיליארד. בשנת 2022 הוא הסתכם ב-1.5 מיליארד שקל. התקציב הוא קטן מדי ולא יאפשר את מילוי יעדי הרשות".