יונתן חצב בשיריו את אהבת הארץ ונופיה, את הגעגועים לימי נעוריו, את השכול (בנו, ליאור, נפל במלחמת יום הכיפורים), את הכאב ואת השמחה, כמו גם את התקווה, התשוקה וההתבוננות הפנימית והאישית שלו כלפי עצמו וכלפי החיים עצמם.
בשיריו של יונתן ישנה רלוונטיות תמידית ובייחוד בתקופה הנוכחית, שיריו המדלגים בין דמע לתקווה, בין כאב ואובדן לבין הצורך לזקוף ראש ולפרוח שוב מחדש – מספקים נחמה אמיתית.
במרוצת השנים הפכו יצירותיו לנכסי צאן ברזל בזמר העברי, הולחנו ובוצעו בידי מיטב האמנים: "נאסף תשרי", "האיש ההוא", "יש פרחים", "חופים", "הרדופים", "שיר אהבה ישן", "החול יזכור", "שיר ארץ", "כמו בלדה", "שירים עד כאן", "זמר לבני", "שוב יוצא הזמר", "דוגית נוסעת" ועוד. בפרק זה של "מילים ולחן" השמיע דודי פטימר את מיטב הקלאסיקות של יונתן וסיפר את הסיפורים הפחות מוכרים מאחוריהן.