ברדוגו פרסם בחשבון ה-X (טוויטר לשעבר): ״צה״ל והשב״כ הם כוח המגן של מדינת ישראל. טובי בנינו ובנותינו משרתים שם. הניסיון הנלוז לפיו אני תוקף את גופי הביטחון החשובים ביותר בישראל נדון לכישלון. הביקורת הנוקבת היא כלפי השימוש בסמכויות החקירה הנתונות להם, באופן בררני, בדומה לאופן בו מנדלבליט ואגף החקירות במשטרה פעלו כנגד ר׳ ממשלה מכהן, מהווים סכנה ברורה ומיידית לדמוקרטיה בישראל״.
בין התגובות נכתב: ״ברדוגו צריך לשבת בכלא על הסתה נגד גופי הביטחון בעת מלחמה״, צייצנית נוספת כתבה: ״אני לא יודעת מה ברדוגו אמר או לא אמר על צה"ל כי אין לי סבלנות להקשיב אבל אני כן יודעת שצה"ל פירנס אותו יופי יופי במשך כמה שנים״. בין הביקורות ברשת נכתב: ״איך ברדוגו עדיין לא עצור בחשד להמרדה נגד מוסדות הצבא בזמן מלחמה?״.
לפני כן ברדוגו טען כי ״הניסיון להפוך את כוח החקירה שנמצא בידיהם של אנשי השב"כ והצבא, כדי להפוך את השלטון בישראל לאחר סבב ההצלחות של נתניהו, לאחר נסראללה, סינוואר, דף, תימן ואיראן, הכוח שאמור לשמור על השלטון בישראל מנסה לייצר פה מציאות חדשה. עדי מדינה - היינו בסרט הזה, בכתבי האישום שקרסו. רק בשבוע שעבר אחד הבכירים שתקף את זה אמר שנתניהו ניצח את השיטה. את אותה שיטה שבעצם ניסו דרכה להפיל פה שלטון ימין ושלטון של בנימין נתניהו".
עוד הוסיף: "התחושה שלי קשה מאוד בערב הזה, כי זה מזכיר לי את 7 באוקטובר. אותו 7 באוקטובר שבו ניסו למנוע גם רונן בר וגם הרצי הלוי מהכוח המדיני במדינת ישראל לקבל את ההחלטות. כרגע זו גניבת מסמכים, גניבת מסמכים רק בצד אחד, שנועדה לשמור על איזושהי אמת לא טובה שרק בכוח השתיקה שעושה החקירה, ישמור אותה ראש השב"כ".
מערוץ 14 נמסר: "הפרשן הפוליטי יעקב ברדוגו לא דיבר על צה"ל והשב"כ, אלא על מערכות החקירה של צה"ל והשב"כ. מוטב שגופי תקשורת שיודעים לדבר, ידעו גם להקשיב".