לאורך השנים כתב בעיתונים המרכזיים השונים בישראל, ביניהם: "מעריב", "הארץ" ו"ישראל היום". ב-1992 מונה מרגלית על ידי עופר נמרודי לעורך "מעריב", אך פרש לאחר כחצי שנה לאור אי הסכמות. בשנת 2018 הואשם בהטרדה מינית של שורת עיתונאיות במספר מקרים שהתרחשו בשנות ה-80 וה-90.
מרגלית המשיך להשפיע רבות על הפוליטיקה הישראלית, במיוחד לאחר שתוכניתו התפתחה לתוכנית ראיונות פוליטית ידועה ששודרה באופן קבוע בימים ראשון עד חמישי ב-16:59בטלוויזיה החינוכית ובערוץ הראשון. ב-1996 הנחה את העימות הטלוויזיוני בין המתמודדים על ראשות הממשלה באותה שנה. תוצאותיו של עימות זה הביאו לפי ההערכות ליתרון לבנימין נתניהו, שניצח באותה מערכת בחירות.
מאז הצטרפותו ל"ישראל היום" נטה לזווית ימניות יותר, בהתאם לאידאולוגיה המנחה של העיתון, בשנת 2020 עד 2021 היה פעיל במחאה נגד ממשלת ישראל השלושים וחמש. בשנים 2007–2009 חל שינוי בעמדותיו, ועל כך הוא כתב בספרו "התפכחות". הוא חזר בו מתמיכתו בתוכנית ההתנתקות וכתב שלעולם לא יתמוך עוד במהלך חד-צדדי שכזה, אך הוא ראה את הפתרון בשתי מדינות לשני עמים שיושג במשא ומתן. הוא הביע ספקות בסיכוי לכונן שלום אמיתי בעתיד הקרוב בין ישראל לפלסטינים, לנוכח עמדותיהם הסרבניות.
התרעות פיקוד העורף