הנתיבים המהירים שבונים משרד התחבורה ונתיבי איילון לצד כביש 2 וכביש 20, ונועדו לשמש תחבורה ציבורית ושאטלים מחניוני הענק שנבנים בשפיים ובראשון לציון יהיו פתוחים לכאורה גם לרכב פרטי. "לכאורה", בגלל שהנסיעה לנהגים בנתיבים תהיה יקרה ומוגבלת, ותיאסר לגמרי על רוכבי אופנועים וקטנועים.
תקנות הפעלת הנתיבים מגלות כי הם יחולקו לשבעה אזורי חיוב, כאשר מחיר הנסיעה ינוע בין 6.99 שקל ל-104.91 שקל, ויעלו בהתאם לעומס בכביש, כמו בנתיב המהיר הקיים בכביש 1. אולם בניגוד לנתיב המהיר הקיים נהג עלול להיות מחויב בתשלום יותר מפעם אחת, עד לסכום מרבי של 300 שקל למי שיבקש לחצות חלק משמעותי מהפקק בגוש דן באמצעות נסיעה בנתיב בתשלום.
פטורים מתשלום יהיו השאטלים ואוטובוסים, ורכבים פרטיים שבהם לפחות נהג ושני נוסעים, כלומר שלושה בני אדם. הספירה אמורה להתבצע בידי מערכות זיהוי אוטומטיות שנמצאות כעת בבחינה, אם כי מנגנון הקנסות רומז שייתכן שתהיה גם אפשרות לנהג לדווח כמה נוסעים יש ברכב ולהיות מחויב או פטור בהתאם, בהזמנת נסיעה מראש כמו שנעשה למשל באזור מס הגודש בלונדון.
נסיעה בניגוד לחוק תחויב בנוסף לדמי האגרה ב-84 שקל וב-28 שקל בפעם הראשונה. אי תשלום החוב במועד יחויב ב-42 שקל. מי שיעשה מעשה למניעת חיוב או זיהוי יחויב בקנס של 1,400 שקל. כניסה ויציאה מהנתיב במקום שלא נקבע לכך יעלו 280 שקל, בניסיון להילחם בנהגים שינסו לקצר את דרכם בלי לשלם.
בנוסף יהיו זמנים בהם יאסר על רכב פרטי להיכנס לנתיב המהיר, כאשר יווצר עומס בכביש, כדי להבטיח לשאטלים ולתחבורה הציבורית נסיעה במהירות ממוצעת של 70 קמ"ש. זאת בהיותם של הנתיבים פרויקטים שנועדו לקדם תחבורה ציבורית, כאשר האפשרות להשתמש בהם כנתיב אגרה היא משנית.
למרות שמדובר בפרויקט שאמור לתמוך באלטרנטיבות לנהיגה ברכב פרטי, הוחלט לאסור לגמרי נסיעה בנתיבים בכביש 2 ו-20 ברכב דו גלגלי, ללא שינוי לגבי הנסיעה בתשלום בכביש 1. האיסור מנומק בכך שהנתיבים החדשים יהיו צרים יותר מהנתיב בכביש 1, וחשש לסיכון הרוכבים בנסיעה בנתיב מרובה אוטובוסים. זאת למרות שניסוי שנערך בתל אביב הראה כי סכנה, ובכבישים כמו נתיבי איילון וכביש החוף דווקא הנתיבים הרגילים עמוסים ומסוכנים יותר לרכב דו גלגלי. מחקרים שנערכו עבור משרד התחבורה הוכיחו שמעבר של נהגים לקטנועים ואופנועים מפחית את עומסי התנועה ומצוקת החנייה, בנתיבי איילון בחרו להתעלם מכך.
עדכון נוסף נודע לנתיב המהיר בכביש 1: מי שיחנה לפחות שלוש שעות בחניון הנתיב המהיר יוכל להמשיך בנתיב האגרה בכביש ללא תשלום, אולי בניסיון להגביר את השימוש בחניון, שירד מאז פתיחת קו הרכבת המהירה לירושלים.
התרעות פיקוד העורף