ברשות המסים, באגף הכלכלן הראשי ובאגף התקציבים במשרד האוצר מתנגדים להצעה. עמדת הגורמים המקצועיים היא שמס ערך מוסף הוא מס עקיף כללי ואחיד, החל על כלל המוצרים והשירותים ועל כלל הצרכנים, וכי יעילותו נשענת על עקרון אחידות המס ומיעוט הפטורים והשיעורים החריגים.
לטענת רשות המסים, קביעת שיעור מע"מ מופחת למוצרים מסוימים פוגעת בכלליות החוק ועלולה ליצור אפליה בין מוצרים שונים. מהלך כזה, כך נטען, עשוי לפתוח פתח לדרישות מצד סקטורים נוספים במשק להחלת שיעורי מע"מ מיוחדים, תהליך שעלול לערער את מבנה המס הקיים.
במשרד האוצר מזהירים גם מהשלכות תפעוליות. קביעת שיעורי מס שונים למוצרים שונים תחייב פיקוח רחב יותר מצד רשות המסים, תגדיל את הסיכון לדיווחים כוזבים בנוגע לסיווג מוצרים, ועלולה לגרום לחיכוכים מתמשכים בין עוסקים לבין הרשות. בנוסף, מנוסח ההצעה לא ברור במדויק אילו טובין ייכללו בה, דבר שמגביר את אי הוודאות. עוד נטען כי רשימת המוצרים שבפיקוח נקבעה ממילא משיקולים אחרים, כגון כשלי שוק או רווחיות יתר, ולא בהכרח מתוך מטרה להוזיל סל מזון בסיסי.
גורמי המקצוע מצביעים גם על סתירה למדיניות ממשלתית בתחום התזונה. לטענתם, מתן מע"מ מופחת או אפס על מוצרים מסוימים, שחלקם אינם תורמים לתזונה בריאה, עומד בניגוד למאמצים לעודד צריכת מזון בריא באמצעות סימון תזונתי ותמריצים אחרים.
בנוסף מזכירים באוצר כי ועדת טרכטנברג המליצה בעבר לשמור על שיעור מע"מ אחיד ובסיס מס רחב, כחלק ממדיניות שמפחיתה עיוותים כלכליים, מקלה על הגבייה ומצמצמת העלמות מס. גישה זו, לפי האוצר, תואמת גם את המלצות ה-OECD, וישראל נחשבת כיום לאחת המדינות הבולטות באחידות מערכת המע"מ בהשוואה בין-לאומית - נקודה שמצוינת לחיוב שוב ושוב בדו"חות של הארגון בנושא.
מעבר לעמדת האוצר, ניתן להצביע גם על כשל מהותי במתן פטור ממע"מ כדרך להשיג מטרה מסוימת. אם מטרת המחוקק היא לסייע למשקי בית מעוטי הכנסה לרכוש מזון בסיסי, הכלי הנבחר אינו ממוקד ואינו מבטיח שהסיוע אכן יגיע אליהם. הסיבה הראשונה היא שהפחתת מע"מ היא הטבה רוחבית שמתפזרת לאורך כל השרשרת, וחלק לא מבוטל ממנה נבלע אצל היצרנים והקמעונאים.
אבל הסיבה השנייה, והעיקרית, היא שגם בחלוקה בין הצרכנים עצמם, ההטבה אינה שוויונית. מי שצורך יותר בשר, עוף ודגים, שהם מהמוצרים היקרים בסל המזון, ייהנה יותר מהפחתת המע"מ. בפועל, אלו הם לרוב משקי בית מבוססים יותר, ולא דווקא אלו שמתקשים לסגור את החודש. כך יוצא שחלק משמעותי מהעלות התקציבית של המהלך מופנה כלפי מעמד הביניים והעליון.
באופן דומה, אם המטרה היא לעודד תזונה בריאה, הפחתת מע"מ גורפת על סל מוצרים רחב אינה מייצרת תמריץ ממוקד. היא אינה מבדילה בין מזון בריא לפחות בריא, ואינה מתיישבת עם מדיניות קיימת של סימון ותעדוף תזונתי.
ביום שכל אותם נבחרי ציבור יגלו שאין לנו עץ כסף ושביום שאחרי הבחירות מישהו יצטרך לשלם את כל ההתחייבויות האלו, מצבנו כמדינה יהיה הרבה יותר טוב.