כמו בציונות הדתית, גם יהדות התורה עמדה בפני פיצול וריצה ברשימות נפרדות של המפלגות המרכיבות אותה - אגודת ישראל ודגל התורה. בסופו של דבר, בתיווכו של בנימין נתניהו, הוחלט לרוץ ביחד, בין היתר בשל החשש מאחוז החזימה, כשמשה גפני מדגל התורה מפנה את המקום הראשון ליצחק גולקנופף מאודת ישראל.