דברים אלו של פלג עוררו סערה בשל הרמיזה לכאורה לכך שבמערכת המשפט "ינקמו" כביכול בראש הממשלה על כך שמינה לתיק המשפטים את לוין, ויעמידו אותו ואת לוין לדין. פלג כתב בעמוד הפייסבוק שלו הבהרה כאמור, בה הסביר את דבריו: "אני לא חושב שמערכת האכיפה רודפת את מי שמאתגר אותה. אני לא חושב שמערכת האכיפה מחסלת או מנסה לחסל פוליטיקאים לעומתיים.
אני בטוח שהחקירה כנגד ראש הממשלה נקייה והגונה וזהירה במיוחד, ייתכן שזהירה מידי", כתב עוד פלג בפוסט, "אבל מה? חשודים, כמעט כולם, נאשמים, כמעט כולם, סבורים שהחוקרים והתובעים לוקחים אותם אישית, רודפים אותם. מנקודה זו הערכתי שראש הממשלה, שסבור שהחקירה כנגדו לא הייתה נקייה, יחשוש למנות שר משפטים לעומתי למערכת המשפט.
אין לו מה לחשוש. בין שימנה ובין שלא, יש לו תיק גדוש ראיות להתמודד איתו. תיק שהוא פרי המעשים שלו ורק שלו. גם איילת שקד הייתה לעומתית למערכת, איש לא חקר אותה. להבנתי איש גם לא חשב לחקור אותה. כך זה כשאתה אדם הגון. איש לא רודף אותך".
התרעות פיקוד העורף