הרב חיים דרוקמן, בכיר רבני הציונות הדתית, היה במרכזה של ביקורת חריפה בפרשת הרב מוטי אלון, לאחר שנטען כי מכיוון שלא פעל ביתר נחרצות נגד הרב אלון לאחר פיצוץ הפרשה הראשונה לפני מספר שנים, התאפשר לו לפגוע בתלמידים נוספים, בפרשה שעלתה לכותרות לפני מספר שבועות. 

הרב מוטי אלון. קרדיט: פלאש 90

במהדורת "החדשות" דיווחו כי הרב דרוקמן, שהוא ומקורביו הבינו כי ישנו כעס בציבור הדתי לאומי בעקבות ההתנהלות בפרשה, שלח מכתב לאיש ציבור בכיר במגזר, בו הסביר את המניעים שעמדו מאחורי מהלכיו. "אני חש בכאבך האמיתי על שתיקתי ביחס למידע החדש שהגיע לאחרונה על הרב מרדכי אלון", כתב הרב דרוקמן, "אודה על האמת גם לי כואב כל מה שכתבו עליי, אבל לא זה הוא העיקר".

"חשבתי שמבחינת האמת צריך לפעול ולאו דווקא לדבר", הוסיף הרב, "מיד כשהמידע הגיע אליי ולאחר דיון משותף עם רבנים נוספים הנחיתי כי הרב אלון לא יוכל להעביר שיעורים או פעילות ציבורית אחרת וכי אין לו לקיים מפגשים אישיים עם צעירים. אם אני יכול לסייע בידי מישהו שנפגע אפשר כמובן לפנות אליי ואפעל כמיטב יכולתי".