בעקבות הדלפת דבריו של שר החינוך, הרב רפי פרץ, בישיבת הממשלה לפני כשבועיים שעסקה בתפוצות ובהם כינה את ההתבוללות בתפוצות כ"שואה" ועל רקע המחאה והביקורת שהושמעה בארץ ובתפוצות לרבות בקהילות היהודיות השונות ובהנהגה היהודית בתפוצות, פנה יו"ר הסוכנות היהודית, יצחק הרצוג בדחיפות לרב רפי פרץ וביקש ממנו להבהיר את דבריו כדי "למנוע קרע מיותר נוסף בעם ישראל". 

המכתב של השר פרץ. קרדיט: הסוכנות היהודית

במכתב רשמי של שר החינוך ליצחק הרצוג כיו"ר הסוכנות היהודית, אשר יועבר להנהגת הקהילות היהודיות בתבל ובמיוחד לפדרציות היהודיות בצפון אמריקה, כתב הרב פרץ כי "מתוך חרדה עמוקה לגורל העם היהודי השתמשתי במילה "שואה", ביטוי שבא לבטא את עומק הכאב וייתכן ולא היה במקומו. כמובן שלא התכוונתי לפגוע במי מיהודי התפוצות." בהמשך המכתב הוסיף השר והדגיש כי, "אני מכבד ומוקיר את העם היהודי כולו בארץ ובתפוצות". יודגש כי פנייתו של יו"ר הסוכנות היהודית לשר החינוך הייתה מיד עם פרסום דבריו של השר וטרם המשבר על דברי השר בנוגע לציבור הלהט"ב.