גם בהיבטי המטה, נמצאו ליקויים במערך המבצעים המיוחדים. נורות אזהרה מהבהבות שהתרחשו במבצעים קודמים לא הובילו לשינויים נדרשים, נמצאה חוסר הלימה ואיזון בסיפור הכיסוי לביצוע המשימה עצמה, דברים שנבעו אולי מעומס משימות. גם במפקדת מערך המבצעים המיוחדים יידרש שינוי משמעותי. היעדרו של מטה חזק ומאורגן הוביל לכך שיכולת הבקרה, התכנון והפיקוח ביחידה נפגעו. לישראל אין את הלוקסוס שלא לבצע מבצעים מיוחדים מהסוג הזה, אבל לא ניתן להתעלם מכך שבעידן הטכנולוגי שבו אנחנו נמצאים, ובמציאות בעזה בה האויב לומד את פעולותיך ומכיר את השטח והאנשים היטב, נדרשות התאמות ושינויים עמוקים, שיאפשרו את המשך הפעולות במציאות שעולה לעתים על כל דמיון.