משפט הפתיחה בספרו האלמותי, נכון לשעתו, של יעקב שבתאי "הדוד פרץ ממריא" הוא "הדוד פרץ לא היה דוד, הוא היה קומוניסט". גם רפי פרץ לא היה טייס, הוא היה רב, אחר כך היה פוליטיקאי, אחר כך היה שר חינוך שאמר (בראיון ל"ידיעות אחרונות") כי "ההגדרה למשפחה נורמטיבית היא איש ואישה".
ביולי אשתקד הרב המליץ על טיפולי המרה, חטף מקלחת חינוכית שהייתה אמורה להסביר לו באיזה עולם, מדינה וחברה הוא חי. כמו טיפולי ההמרה להומואים, גם הניסיון להמיר את אמונתו החשוכה של פרץ לא עבד ועכשיו הרב רפי שוב המריא. כשנשאל כיצד היה מגיב ל"נטייה מינית שונה" של אחד מילדיו, השיב: "ברוך השם, הם גדלו בצורה טבעית ובריאה. הם בונים את הבתים שלהם מתוך ערכים יהודיים".
כשחזר מגיחת ההפצצה הזו הסתבר לו שהמון בתי ספר, בייחוד בגוש דן, פתחו יום לימודים בשיעורי מחאה על הצורך בשמירת כבוד האדם וחירותו בלא לחטט בשאלה את מי את או אתה אוהבים, או איך אתם מבטאים את האהבה הזו שלכם. תלמידים, מנהלים ומורים תבעו את פיטוריו. במִנהל החינוך בעיריית תל אביב־יפו הודיעו כי בתגובה ל"דברים החשוכים" של השר יפתחו צוותי בתי הספר את יום הלימודים בשיחה על שוויון, קבלה, שוני בין אנשים ודמוקרטיה.
כל זה לא ממש עזר, מה גם שהקשב של פרץ היה ממוקד כולו בניהול המאבק ההלכתי האמיתי: האם הימין הקיצוני ילך בראש אחד או בשני ראשים, אבל לא אלמן ישראל. "בגלל זה צריך לפטר אותו?", זעם הרב שמואל אליהו, "בגלל שהמשפחה הנורמטיבית היא איש ואישה על פי המסורת של עם ישראל?". על פי גרסת אליהו, "הליברלים הקיצונים רוצים להשליט אחידות מחשבתית שבה רק להם מותר לומר מה נכון ומה לא. את הטרור הזה מנסים לחולל גם נגד הרב רפי פרץ. כל מי שחרד לדמוקרטיה של המדינה צריך להילחם על זכותו של שר החינוך לחנך לפי האמונות שלו".
האמונות שלו, כאמור, הן הבעיה. רק לאחרונה העניק פרץ את פרס היצירה התורנית לרב יצחק גינזבורג, שגיבה את הספר ההלכתי הידוע לשמצה "תורת המלך", מאת הרבנים יצחק שפירא ויוסף אליצור מישיבת עוד יוסף חי שביצהר. הספר עוסק בין השאר בהלכות הריגת גויים ברוח התורה, שהיא להרוג, לאבד ולהשמיד את עמלק. גינזבורג זה הוא גם כהניסט וגם חב"דניק. מכהנא הוא מביא את הטרנספר והגירוש, ומחב"ד הוא מביא את תורת המלך השנייה, הוא המלך המשיח, הלובביצ'ר. עד היום, אגב, פרץ לא התנצל. לא כאדם ולא כשר חינוך.