כמעט שנתיים לאחר מינוי הצוות לבחינת המחלקה לחקירת שוטרים, הגיע הדין וחשבון המיוחל. המסקנות של הצוות, אם אכן ייושמו, יכולות לגרום לרעידת אדמה ברשויות אכיפת החוק - פשוטו כמשמעו. המחלקה לחקירת שוטרים היא זו שחוקרת שוטרים ואנשי שב"כ, והיא מחזיקה כוח עצום. כיום, המחלקה כפופה לפרקליטות המדינה ולפי גורמים רבים המעורים בהתנהלותה היא איבדה את דרכה.
הסיבה העיקרית שהובילה לשינוי, מתומצתת בתגובת הסנגוריה הציבורית למסקנות הוועדה. "מח"ש אינה מגשימה מזה זמן רב את התכלית שלשמה נועדה ואינה מספקת הגנה ראויה לאזרחים מפני שימוש לרעה בכח משטרתי. נדרש שינוי מהותי שבראשו העברת סמכות חקירת תלונות אזרחים כנגד שוטרים לגוף עצמאי ובלתי תלוי שיוכל להבטיח את בירורם".
לפי עמדת הרוב המכריעה, "כפיפותה של מח״ש לפרקליטות, והקשר ההדוק בין הפרקליטות למשטרה, מייצרים ניגודי עניינים מבניים". הדבר נובע הן מהעובדה שמח"ש עצמה נעזרת בשוטרים, והן מהעובדה שמח"ש כפופה לפרקליטות שזקוקה לעדות שוטרים בהליכים הפליליים אותה היא מנהלת.
לעמדת הרוב, המשמעות של הפרדת מח"ש מהפרקליטות היא אדירה, במידה וכאן כל השלבים יתרחשו. מח"ש לא תצטרך לשקול את השיקולים של הפרקליטות או להתחשב באינטרסים של הפרקליטות כשהיא באה לחקור שוטר או איש שב"כ. התוצאה היא מערכת שתפעל באופן אקטיבי יותר נגד שוטרים שסרחו מבלי צורך לתת דין וחשבון לאינטרסים של הפרקליטות מול המשטרה.
לעומת זאת, לפי עמדת המיעוט של אפק, "ניתוק מהפרקליטות עלול לפגוע בצורה קשה ביכולות ובכשירות של מח״ש, וההשלכות של המהלך עלולות להיות חמורות מאד, כגון: מדיניות לא אחידה ביישום הדין הפלילי ותורת האכיפה הפלילית; איבוד נקודות חוזקה רבות בממשק מול משטרת ישראל וגופי מדינה נוספים; בידוד של מח״ש ומנהל מח״ש מגוף הליבה המקצועי במדינה, במקרה הטוב, ובמקרה הרע - מינויו על בסיס שיקולים פוליטיים וחשיפת מח״ש ללחצים פוליטיים קשים העלולים להשפיע על החלטות בתחום אכיפת החוק".
המשמעות של הפרדת מח"ש מהפרקליטות, אם אכן תצא לפועל, היא דרמטית. לראשונה מאז הקמתה, המחלקה שתפקידה להגן על אזרחים מפני חריגות משטרתיות תפעל מבלי להיות כפופה לאינטרסים של גופי אכיפה אחרים. מח"ש תוכל לחקור שוטרים ואנשי שב"כ מבלי להתחשב בצרכים של הפרקליטות, מבלי לחשוש מפגיעה בעדויות חיוניות להליכי תביעה אחרים, ומבלי להיות תלויה בשיתוף פעולה מצד המשטרה.
אך לצד ההבטחה לשיפור השקיפות והעצמאות, מהלך כזה גם טומן בחובו סיכונים: בידוד מקצועי, מדיניות אכיפה לא אחידה, ואף חשיפה ללחצים פוליטיים שיכולים לשחוק את עצמאות הגוף החדש. המהלך, אם ייושם, צפוי לחולל טלטלה של ממש במבנה הכוחות של מערכת אכיפת החוק בישראל.
התרעות פיקוד העורף