למרות שנראה לעיתים כי מדובר בשני ארגונים זהים, ישנם הבדלים משמעותיים למדי בין חמאס לג'יהאד האסלאמי. מדובר בשני ארגונים סונים רדיקליים מיסודם של "האחים המוסלמים", אשר משלבים בין אידיאולוגיה אסלאמית רדיקלית לבין לאומיות פלסטינית. חמאס היא תנועה היונקת את כוחה מפעילות חברתית של הטפה ושירותי רווחה ("דעווה"). במקביל לפעילות ה-"דעווה", חמאס מקיימת זרוע צבאית נפרדת האחראית על מימוש טרור. ההפיכה נגד הרשות הפלסטינית ותפיסת השלטון בעזה התאפשרו בזכות התמיכה החברתית הרחבה, שהתבטאה גם בניצחון הברור בבחירות שנה קודם לכן.
בניגוד לחמאס, הג'יהאד האסלאמי אינו ארגון המבוסס על פעילות חברתית. הוא דוגל במאבק צבאי מידי ורצוף כסוג של אוונגרד מהפכני. כארגון כזה הוא התקשה לקבל בעבר החלטות של חמאס על הפסקות אש, גם אם ברור היה שמדובר בהפוגות שנועדו להתעצמות צבאית. הג'יהאד האסלאמי נאלץ מספר פעמים בשנים האחרונות לנהל סבבי לחימה נגד ישראל מבלי לקבל סיוע של חמאס מעבר למס שפתיים. הסבב האחרון מסוג זה היה מבצע "מגן וחץ", שבו חמאס באופן בולט עמד מנגד והניח לג'יהאד האסלאמי להקיז דם לבדו, ללא השתתפות כלשהי בלחימה.
למרות הבדלי הגישה והמתיחויות על רקע זה, הג'יהאד האסלאמי לא ערער מעולם על ההגמוניה של חמאס בעזה והביקורת הפנימית הייתה מאופקת וזהירה. לג'יהאד האסלאמי כמה אלפי מחבלים חמושים כמו גם מערך רקטות לא קטן, אך יחסי הכוחות ברורים. ניתן להעריך בזהירות שהארגון צפוי לקבל את מרות חמאס גם בנוגע להמשך ניהול המלחמה, לרבות החלטות על עסקאות חטופים.
ישראל צריכה להמשיך ולמקד את המאמץ מול חמאס בכל הנוגע לשחרור החטופים, להתכונן לאפשרות של מניפולציות בטענה אפשרית לחוסר הסכמה בין הארגונים ולהטיל את האחריות המלאה למימוש העסקה על חמאס, שהוא הריבון בעזה. בכל הנוגע ללחימה עצמה, דין מחבלי הג'יהאד האסלאמי חייב להיות כדינם של מחבלי חמאס ובהתאם לתכלית האסטרטגית שהוגדרה למלחמה - מיטוט ושלילת היכולות הצבאיות.
התרעות פיקוד העורף