לאחר כחמישה ימים, כאשר משרד התחבורה, מינהל התעופה האזרחית ורשות שדות התעופה, בשיתוף גורמי הביטחון, החליטו על יציאה למבצע להחזרתם של כ-120 אלף ישראלים השוהים בחו"ל באמצעות חברות התעופה הישראליות - אל על, כחברת התעופה הישראלית הגדולה ביותר, נערכה במתכונת חירום לקראת החזרתם של רבבות מתוכם.
החברה פעלה בתנאים מאתגרים. ראשית, לנוכח ההגבלה של שתי טיסות נוחתות בלבד מדי שעה שיכולות להגיע לנתב"ג, בתחילה של מטוסים צרי גוף בלבד ובהמשך, שרק אחת מהן היא במטוס צר גוף, כאשר גם חברות התעופה הישראליות הנוספות מקבלות חלק מהסלוטים. בנוסף, מאות מעובדי החברה היו מגויסים בצו 8. העובדים שלא גויסו פעלו ב"צו 8 אזרחי" סביב השעון.
בזמן התראה קצר יחסית, מרגע ההכרזה על מתווה טיסות החילוץ, אל על יצאה למבצע שיבוץ יעיל של כ-35 אלף נוסעיה, שטיסתם בוטלה ונתקעו בחו"ל, והחזירה אותם לארץ, זאת ללא עלות כספית נוספת. החברה פתחה מכירת כרטיסים לטיסות רק לאחר ששיבצה את כלל נוסעיה לטיסות החילוץ. באל על הפיקו לקח ממבצע "עם כלביא", כאשר אז נפתחו מהר מדי כרטיסי טיסה למכירה.
הכלל המנחה הפעם היה: רק לאחר שיבוץ כל נוסעי אל על המעוניינים לשוב לארץ, תיפתח מכירת כרטיסים לנוסעי חברות תעופה אחרות. אל על גם קיבעה מחירים מופחתים לטיסות שלה לנוסעים שלא היו לקוחותיה ונתקעו בחו"ל. כך למשל, כרטיס לטיסה מלרנקה לנתב"ג נמכר ב-99 דולר, מאתונה – ב-149 דולר, מרומא – ב-199 דולר, מפריז – ב-299 דולר, מבנגקוק – ב-599 דולר ומניו יורק – ב-699 דולר בלבד.
באל על הבהירו כי הפתיחה למכירה התבצעה באופן מדורג ובהתאם למתן קדימות להשבת לקוחות החברה ומקרים הומניטריים ורפואיים דחופים. לאחר החזרת מרבית לקוחות אל על מיעדים באירופה ובהדרגה גם מצפון אמריקה וטיסה בודדת מטוקיו, אל על החלה בתחילת השבוע במבצע מורכב נוסף להחזרתם של למעלה מ-6,000 נוסעים התקועים במזרח הרחוק.
מבצע נוסף שהוטל על אל על הוא לחלץ אזרחים אמריקאים שנתקעו בישראל דרך אירופה, וזאת באמצעות תגבור טיסות לצפון אמריקה. מדובר באלפי אזרחים אמריקאים, שניתנה להם מתחילת השבוע אפשרות לצאת מישראל, כאשר ניתן להטיס יותר נוסעים במטוסים. בנוסף, אל על הודיעה על המשך מתן קדימות גם למקרים הומניטריים או רפואיים בטיסותיה.
החברה פועלת במקביל ובהיערכות לוגיסטית מאתגרת גם במסגרת מתווה הטיסות היוצאות מנתב"ג, שבשלב הראשון הוגבל ל-100 נוסעים בכל טיסה, והוגדל על ידי משרד התחבורה ל-120 מושבים, כאשר נמשכת הגבלת שתי טיסות יוצאות בשעה. אל על, שפועלת במתכונת חירום, מפעילה בינתיים רק כ-40 טיסות יוצאות ונכנסות ביממה, בעוד שלפני המלחמה היא הפעילה כ-160 טיסות. בחברה כבר ערוכים לקבלת היתר מהרשויות להגדיל את מספר הטיסות והנוסעים, אך זה כבר תלוי במצב הביטחוני.