שלושה חודשים לאחר הטלטלה שעברה על חברי הוועדה לתכנון ולתקצוב במועצה להשכלה גבוהה, זאת בעקבות החלטתו השנויה במחלוקת של שר החינוך רפי פרץ שלא להאריך את כהונתו של חבר הוועדה פרופ' יוסי שיין מאוניברסיטת תל אביב, שהתנגד להקמת פקולטה לרפואה באוניברסיטת אריאל. הדבר הוביל להתפטרותו של פרופ' ישעיהו טלמון, פרופסור אמריטוס להנדסה כימית בטכניון, לאחר מכן. 

כעת הוועדה עומדת בפני סערה נוספת, זאת מפני שביום שלישי הקרוב צפוי להתקיים במל"ג דיון על מינוי חברי הות"ת החדשים, כשבין המועמדים עלה שמה של פרופ' רבקה כרמי, לשעבר נשיאת אוניברסיטת בן גוריון. אולם, בימים האחרונים מועמדותה של פרופ' כרמי הוסרה ויש המייחסים זאת לכך שבעת כהונתה כיו"ר ור"ה (ועד ראש האוניברסיטאות) לפני כשבע שנים, הייתה חתומה על פנייה לראש הממשלה שיפעל על מנת לא לאפשר את הפיכת המרכז האוניברסיטאי באריאל לאוניברסיטת מחקר. בנוסף, היא התנגדה בהמשך להקמת הפקולטה לרפואה באריאל, שכידוע נפתחה לראשונה בחודש שעבר עם פתיחת שנת הלימודים האקדמית.

גורמים בסביבת שר החינוך פרץ, המכהן גם כיו"ר המל"ג, לא מכחישים זאת ואומרים שהשר לא השתכנע למנות אותה "על אף מעלותיה". עוד מאשרים הגורמים כי הסיבה המרכזית היא התנגדותה הנחרצת נגד הקמת הפקולטה לרפואה באריאל. מי שבירכו על הסרת מועמדותה של פרופ' כרמי הם חברי תנועת "אם תרצו", שמסרו כי "לא רק שכרמי קידמה חרם מבפנים נגד אוניברסיטת אריאל ובוודאי נגד פתיחת הפקולטה לרפואה, היא גם עשתה זאת כיו"ר וועד ראשי האוניברסיטאות. ועד המתנהל כקרטל אשר יש לפרקו לאלתר".

מנגד, אורי זכי, מייסד החזית להגנת הדמוקרטיה פנה לשר פרץ בדרישה לנימוק פסילת מועמדות פרופ' כרמי לות"ת. "דווח כי פסלת את מועמדותה מלכהן בוועדה לתקצוב ולתכנון, על אף שהיא הייתה מועמדת המקובלת על ועד ראשי האוניברסיטאות. גורמים פוליטיים, כגון 'אם תרצו' התהדרו בפסילתה וטענו כי המניע לכך הוא פוליטי בגלל עמדותיה של פרופ' כרמי ולאור פעילותה כנשיאת אוני' בן גוריון. נבקש שתפרט בדחיפות את הנימוקים שהביאו אותך לפסול את מועמדותה וזאת זמן מספיק לפני ישיבת המל"ג בשבוע הבא", כתב.

הוא הוסיף: "רפי פרץ מכהן כשר זמני ללא אישור הכנסת. בעבר כבר אמר שהוא מעדיף שיממנו בתי ספר לנבואה מאשר אוניברסיטאות. לפרץ אין בעיה להיות כלי הביצוע של תנועת 'אם תרצו' ולהרוס כמה שניתן את מערכת ההשכלה הגבוהה בישראל, בה הם רואים אויב לצד מערכת המשפט, התקשורת והחברה האזרחית. אנו נבחן את נימוקי השר כמו שיועברו אלינו ונשקול את צעדינו הבאים בהתאם".

כזכור, אישור הפיכת המרכז האוניברסיטאי אריאל לאוניברסיטת מחקר ב-2012 וכן האישור לאחרונה על הקמת הפקולטה לרפואה בה לוו בהתנגדויות רבות. כאשר רק בחודש אפריל האחרון, ברוב של 13 תומכים מול חמישה מתנגדים אישרה המל"ג את הקמת הפקולטה, זאת לאחר מספר דיונים שהיו בנושא עקב חשד לניגוד עניינים של אחת מחברות הוועדה.