מתוך שתי רכבות המופעלות מידי שנה, הרכבת הראשונה מידי שעה בקו נהריה-תל אביב-נתב"ג-מודיעין, תופעל כסדרה, אבל הרכבת השנייה, מידי שעה, תסיים ותתחיל את נסיעתה בתחנת תל אביב מרכז.
בנוסף, הקו בין כרמיאל לבאר שבע יפוצל מהלך ימי העבודות והנוסעים יבצעו החלפת רכבות בתחנת חיפה מרכז השמונה. קווים נוספים שיצריכו החלפת רכבות הם בקווים בין נתניה לרחובות ואשקלון ובין נתניה לבית שהדבר מאלץ נוסעים להחליף רכבות ומקשה בעיקר על הנוסעים בנמל התעופה בן גוריון.