בנוסף, תשלוט הממשלה בתקציב העתק של האוניברסיטאות, העומד על 15 מיליארד שקלים בשנה, המחולקים כיום למוסדות על ידי הוועדה לתכנון ותקצוב (ות"ת) של המל"ג לפי קריטריונים אקדמיים ומקצועיים קשיחים. בנוסף, על פי בוארון, תוכל הממשלה להטיל סנקציות וקנסות על מוסדות אקדמיים, צעד שנתון כיום להחלטתה הבלעדית של המל"ג.
"הצעת החוק מבקשת לשנות מן היסוד את מבנה המועצה להשכלה גבוהה. הצעה זו הינה מהלך קיצוני וחסר תקדים, שמשמעותו בפועל היא השתלטות פוליטית, ביטול המועצה להשכלה גבוהה כגוף מקצועי ועצמאי, הגוף האמון זה עשרות שנים על קידום ההשכלה הגבוהה והמחקר המדעי במדינת ישראל, ובהתאם גם מנהל את תקציבי המערכת", אומרים בוועד ראשי האוניברסיטאות.
אוניברסיטת תל אביב תקיים הבוקר כנס חירום בנושא בו יידונו צעדים אפשריים ככל שהצעת החוק תקודם לחקיקה בכנסת. "אם החוק יעבור, ראשי מוסדות אקדמיים יעמדו מהר מאד בפני הברירה אם לציית להוראות מל"ג הפוגעות בחופש האקדמי, בחופש הביטוי, או בעצמאותנו המוסדית, או לחלופין, להביא לקריסה כלכלית של המוסדות שבראשם הם עומדים. אין צורך לומר שזה מצב שאסור לתת לו לקרות", אומר פורת.
ראשי האוניברסיטאות דורשים משר החינוך קיש לבלום את הצעת החוק המבקשת הלכה למעשה לחסל את עצמאות האקדמיה בישראל, להשתלט על תקציביה ולסכן את החופש האקדמי והמחקרי.
"מערכת ההשכלה הגבוהה היא מנוע צמיחה מרכזי המייצר הון אנושי איכותי וחדשנות. פגיעה בעצמאות המחקר תוביל לשחיקה במוניטין האקדמי, לצמצום השקעות זרות ומענקים בינלאומיים, ולפגיעה ביכולתה של ישראל לשמר את מעמדה כמעצמה טכנולוגית וכלכלית. הצעת החוק, במתכונתה הנוכחית, מעוררת חשש ממשי לפגיעה בעצמאות המחקר במוסדות להשכלה גבוהה, פגיעה אשר עלולה להשליך באופן ישיר ועקיף על יציבותו וחוסנו של המשק הישראלי", כותבים ראשי האוניברסיטאות לקיש.
חוק המל"ג, אשר חוקק ב-1952 הגדיר את תפקיד המועצה להשכלה גבוהה כ"חיץ בין הפוליטיקאים לאקדמיה" והצעת החוק החדש תבטל הלכה למעשה את עצמאות האקדמיה. "המשמעות היא אובדן האמון במערכת השכלה הגבוהה הן מבית והן מחוץ, פגיעה במחקרים פורצי דרך ובריחת מוחות מישראל, תהליך שממנו אין דרך חזרה מהירה. אנו קוראים לך לגלות אחריות לאומית, לעצור את המהלך המסוכן הזה, ולהסיר לאלתר את הצעת החוק מסדר היום של ועדת השרים", דורשים נשיאי האוניברסיטאות מקיש.