"אנו מאמינים כי לכל אדם, ללא קשר לאמונתו או אורח חייו, צריכה לעמוד האפשרות לרכוש השכלה אקדמית. מדינת ישראל צריכה להמשיך ולפעול להסרת חסמים ולעידוד השתלבותן של כלל האוכלוסיות באקדמיה. לצערנו הצעת החוק הנוכחית אינה משיגה את האיזון הראוי".
החוק לדבריהם יפגע במרחב הסטודנטיאלי והציבורי. על פי נוסח ההצעה במוסדות שיוגדרו כ"מוסדות נפרדים" ניתן יהיה להרחיב את ההפרדה המגדרית מעבר לכיתות הלימוד גם למרחבים ציבוריים משותפים, ובהם ספריות, קפיטריות, חצרות, מסדרונות ומרחבים נוספים. זאת, מבלי שהחוק מגדיר באופן ברור מה הם אותם "מוסדות נפרדים" ועל אילו מוסדות תחול ההגדרה. עמימות זו עלולה לאפשר הרחבה משמעותית של ההפרדה המגדרית מעבר למטרה שלשמה נקבע החריג מלכתחילה. הרחבת החריג באופן כה משמעותי עלולה להוות נטל תקציבי משמעותי ולנרמל הפרדה מגדרית גם במרחבים ציבוריים נוספים וליצור תקדים בעל השלכות רחבות על החברה הישראלית.
באגודת הסטודנטים של אוניברסיטת בן גוריון אומרים עוד, כי הוא צפוי לגרום פגיעה בעקרון השוויון והדרת נשים. המשפט הישראלי הכיר לאורך השנים בכך שהפרדה מגדרית אינה הסדר ניטרלי, וכי "נפרד אינו שווה". עד כה התאפשרה הפרדה רק כחריג מצומצם ומוגבל, שנועד לתת מענה לצרכים ייחודיים, תוך צמצום הפגיעה בשוויון. הרחבת ההפרדה עלולה להביא להדרת נשים מהוראה במסלולים מסוימים, לצמצום אפשרויות התעסוקה והקידום שלהן כחברות סגל, מתרגלות ועוזרות הוראה, ובכך לפגוע בחופש העיסוק ובשוויון ההזדמנויות באקדמיה.
לדברי חברי האגודה, צפויה גם פגיעה באיכות ההשכלה הגבוהה בישראל. זאת משום שהלמידה האקדמית, ובפרט ההכשרה המחקרית והתארים המתקדמים, מבוססת על מפגש בין מגוון אוכלוסיות, חשיפה לדעות שונות, שיח ביקורתי וחופש מחשבה. צמצום המפגש בין סטודנטים וסטודנטיות עלול לפגוע באיכות ההכשרה, בחדשנות המחקרית ובמעמדה של האקדמיה הישראלית בארץ ובעולם. יצוין כי גם הנהלת האוניברסיטה מתנגדת גם היא לאישור החוק במתכונתו הנוכחית.
התרעות פיקוד העורף