ההנחיה של מנכ"ל המשרד היא כאמור היערכות ללמידה היברידית, שילוב של למידה פיזית ולמידה מרחוק, בהתאם להיקף ומספר המרחבים המוגנים התקניים בכל בית ספר וזאת במקרה של הכרזת פיקוד העורף על אזור כ"צהוב", היינו עם מגבלות שיאפשרו זאת. אם כי יודגש שלראש הרשות המקומית יש סמכות בלעדית להחליט גם על השבתה מלאה של הלמידה הפיזית בתחומו.
על פי משרד החינוך, באזור שיוכרז במצב "כתום" של פיקוד העורף (מגבלות חמורות יותר על העורף ובכלל זה על בתי הספר), נוספה חלופה על מנת לאפשר מקסימום למידה פיזית בחירום: אפשרות לעד שלושים תלמידים בסמוך או בתוך מרחב מוגן ואם גודל המרחב המוגן מאפשר זאת, ניתן יהיה לכנס "כתת אם" של עד 40 תלמידים או 35 ילדי גן באותו מרחב מוגן. יצויין כי בעת חירום פיקוד העורף הוא הגוף המוסמך היחיד שיכול גם לשנות את ההנחיות הללו.
במשרד החינוך מדגישים: "ההנחיות הן חלק מתהליך מתמשך של היערכות והפקת לקחים, ואין בהן כדי להעיד על התפתחות ביטחונית חדשה. אין שינוי בהנחיות לציבור או בשגרת הלימודים, הנמשכת כסדרה".