במשרד הדגישו כי החזרה מהשבי היא אירוע מורכב בעל היבטים רפואיים, נפשיים וסוציאליים הדורשים מתן מענה מיידי בבתי החולים, ולאחר מכן מענה מותאם אישית בקהילה. במשרד מסרו כי בתי החולים כבר נערכו לקבלת החטופים והחטופים הנמצאים בשבי החמאס ומוכנים להענקת טיפול רפואי ונפשי מתאים לכל אחד ואחת ככל שתהיה עסקה להשבתם ובכל עת שיגיעו חזרה לארץ.
כעת כאמור מעדכן המשרד את הפרוטוקול לטיפול בשבות והשבים, זאת לאחר לקחים שנלמדו מחזרתם של החטופים במסגרת הפעימות בחודש נובמבר. בתום קליטת השבים בנובמבר, התקיימו דיונים של נציגי משרד הבריאות בבת החולים, צוותי מענה לפגיעה מינית חריפה, נציגי צוותים בקהילה, נציגי צבא ומשטרה.
ההנחיות החדשות כוללות המלצה לאפשר רצף של לפחות ארבעה ימי אשפוז במתחם הייעודי בהסכמת השבים והשבות, על מנת לאפשר כל טיפול רפואי ונפשי וכן צרכים אחרים שיזדקקו להם. בנוסף, קיימת התייחסות בפרוטוקול גם למעבר הטיפול בין בית החולים ולביסוס מענה מותאם בקהילה לאורך זמן.
בנוגע לפרטיותם של השבים והשבות, מנחה המשרד להקפיד על שמירת הפרטיות והסודיות הרפואית בכל הנוגע להעברת מידע, כולל התנהלות מול התקשורת, תוך יצירת רשימת מורשי כניסה קבועה לגורמי המקצוע והביטחון הרלוונטיים.
בנוגע למעטפת הטיפולית, הנחה המשרד ליצור מעטפת קבועה של גורמי מקצוע שילוו את בני המשפחות ולאחר מכן גם את השבים והשבות. לכל אחד מהשבים והשבות תוצמד אחות קשר מטעם קופת החולים אליה הם משויכים, ותרכז את המשאבים הנדרשים עבורו כולל הסדרת המעבר לטיפול בקהילה בסיום האשפוז. לכל אחד מהשבים והשבות יוצמד עו"ס מטעם בית החולים שילווה אותם באופן אישי, כולל קשר עם הגורמים המשיקים כמו משרד הרווחה והביטוח הלאומי. בנוסף, את השבים והשבות, וכן את הצוות הרפואי, ילווה פסיכיאטר. כחלק מהטיפול הרפואי הורחב פאנל בדיקות המחלות הזיהומיות, זאת לאור תנאי ההיגיינה הירודים מאוד בשבי ותפוצת המחלות הזיהומיות ברצועת עזה.
בנוגע לתחום הפגיעות המיניות, פשעי מלחמה ועינויים בתקופת השבי, הונחו בתי החולים לקיים מפגש ריענון של הצוותים הרפואיים בנוגע לטיפול בפגיעה אקוטית ובהשלכותיה, כאשר הצוותים מונחים לבצע זאת תוך מתן הסכמה ובחירה של השבים והשבות.