לבקשת משרד הבריאות, בי"ח השרון נתרם למשימה לאומית של טיפול בחולי קורונה ושינה את ייעודו בכך שהפך לבי"ח היחיד שמיועד לחולי קורונה. לאור הירידה בתחלואה בישראל, בית החולים חוזר לפעול במתכונת רגילה החל מאמצע חודש מאי. כל מחלקות ומרפאות בית החולים יחזרו לפעילות רגילה כולל המחלקה לרפואה דחופה (מיון), טיפול נמרץ, חדרי ניתוח, צנתורים ומערך דיאליזה.
לקראת חזרה לפעילות מלאה בי"ח החל בתהליכי טיהור וחיטוי קפדניים עפ"י סטנדרטיים בינלאומיים. תהליך הניקיון והחיטוי מתבצע במספר שלבים ואורך כשבוע בכל אתר בבית החולים לאחריו מתבצעת בקרה קפדנית באמצעות חומר זרחני על מנת לוודא שאכן כלל בית החולים נקי וסטרילי.